L'inventaire original des Papiers de Théophile Dufour figure dans le catalogue dactylographié 11, feuillets 128-195, établi par Alain Dufour, Bernard Gagnebin et Marc Cramer, non daté. Les données de ce catalogue ont été entièrement ressaisies en XML, structurées selon les normes ISAD(G) et enrichies d'une indexation par Joan Lang en 2013. Les informations biographiques ont été complétées par les notices biographiques sommaires de la base Odyssée et le Dictionnaire Historique de la Suisse.
Concernant les cotes Ms. fr. 3801 à 3829, la plupart des documents sont non datés car il s'agit de notes sur des documents anciens. Les dates apparaissant dans l'intitulé sont celles des documents originaux. De plus, les informations concernant les imprimés anciens ont été complétées à l'aide de l'ouvrage cité en bibliographie ainsi que de la base de données romande des incunables, "GLN 15-16".
La cote Ms. fr. 3866 est libre.